Pterodaustro memiliki tengkorak yang sangat panjang, yakni sekitar 29
cm. Moncongnya mendominasi 85% dari total panjang tengkorak. Keanehan
bentuk fisiknya yang lain yaitu set gigi yang tidak biasa.

Gigi yang tumbuh dirahang bagian bawah bagaikan ribuan sekat bulu yang kemungkina
ia gunakan sebagai alat untuk menyarin plankton, ganggang, maupun makhkluk kecil
lainnya dari air. Gigi yang jumlahnya ribuan tersebut tumbuh dalam dua
alur panjang yang sejajar dengan tepi rahang. Panjangnya sekitar 3 cm
dengan lebar antara 0,2 - 0, 3 milimeter. Awalnya diduga struktur ini
bukanlah gigi, namun setelah dilakukan beberapa penelitian dugaan
tersebut akhirnya luntur. Struktur itu benar-benar merupakan gigi normal
karena terdapat enamel, dentin dan pulpa.